Можно ли сделать так, чтобы счетчики пропущенных звонков, непрочитанных сообщений и других уведомлений отображались на кнопках?

Да, можно в большинстве случаев, если только производитель Вашего устройства не отключил необходимые функции Android.

По умолчанию счетчики отображаются только для нескольких приложений, например, Viber, Twitter и некоторых других, которые умеют самостоятельно передавать информацию о счетчиках в лаунчер.

Чтобы показывались счетчики для остальных приложений, нужно в настройках лаунчера включить счетчики уведомлений (долгий тап по свободному месту – настройки лаунчера – Счетчики уведомлений). В этом режиме все приложения, которые выводят уведомления в системную панель (“шторку”), будут одновременно получать счетчики для ярлыков и кнопок, если они на эти кнопки назначены.

Возможно также потребуется перезагрузить устройство или перезапустить Final Interface.

Если и после этого кнопки “Телефон” и/или “Сообщения” не отображают счетчики, попробуйте в настройках кнопки (долгий тап по кнопке) вместо этих режимов указать то приложение, которое показывает уведомления в шторке. Режимы “Телефон” и “Сообщения” предназначены прежде всего для устройств в которых не заменены системные приложения Android, которые отвечают за функционал этих режимов (см. раздел Китайские UI и проблемы, с этим связанные).
Если что либо не получается, напишите нам, попробуем помочь.